На протяжении многих веков озеро Мойнаки почти не меняло своих границ. По форме Мойнакское озеро (или лиман) напоминает овал, вытянутый с юго запада на северо-восток. Дно лимана выстлано плотными сарматскими известняками, покрытыми толщей глины.

На этой водонепроницаемой подстилке лежит минеральный осадок — серый и черный ил, покрытый сверху соленой водой, которую в лечебной практике принято называть рапой. Вода озера по составу почти ничем не отличается от морской воды, но имеет более высокую концентрацию солей. Если в 1 л морской воды содержится 18-20 г солей, то в 1 л рапы 60-80 г.

Грязь представляет собой продукт сложных химических и биологических процессов, происходящих в озере. Вязкостью и пластичностью грязь обязана присутствию в ней коллоидного гидрата сернистого железа, который, образовавшись в почвенной части грязи, впитывает в себя растворы солей и, заполняя промежутки между твердыми минеральными частями своей вязко-студенистой массой, придает грязи своеобразную консистенцию. Коллоидная структура определяет консистенцию грязей и придает ей липкость, вязкость и пластичность. Высокая коллоидальность лечебных грязей обусловливает их высокую влагоемкость, а это, в свою очередь, определяет присущую грязи теплоемкость, приближающуюся к теплоемкости воды.

Благодаря коллоидальности грязь плотно пристает к коже и сравнительно трудно смывается, обуславливая ее мазеподобную консистенцию. При высыхании грязь, вследствие окисления сернистого железа теряет свою пластичность и рассыпается в порошок. Потерянная пластичность может быть вновь возвращена грязи, если ее продержать под рапой в течение нескольких дней.

Побережье Мойнакского озера называют «лечебницей под открытым небом», летом его ежедневно посещают более 2000 курортников. Среди них немало тех, кому врачи назначили рапные и грязевые ванны, так сказать, в натуральном виде, то есть естественного, солнечного нагрева. Лиман же в солнечные дни нагревается от 26 до 3-4 °С, а грязь — и того выше. Купания в лимане, как и натуральные ванны, весьма эффективны при лечении суставных и кожных заболеваний и чаще всего приравниваются к действию рапных ванн и грязевых аппликаций. Однако на воздухе они переносятся гораздо легче, чем в помещении.

Рапогрязевые процедуры — их нередко называют народными, или «египетскими», ваннами — особенно полезны лицам, испытывающим недомогания сравнительно недавно, а также пожилым людям, которым переносить процедуры в помещениях трудно. При рапо-грязевой процедуре на лимане тонкий слой грязи наносится на тело (или болезненный участок), затем в течение 15-20 мин этот слой грязи подвергается солнечному облучению. Смывается грязь с тела в процессе 10 минутного купания в лимане. Наконец, воздушные ванны на берегу соленого озера — их принимают как на солнце, так и в тени, под навесами, — улучшают обмен веществ в организме, активизируют деятельность почек и органов кроветворения, оказывают благотворное влияние на нервно-психическую деятельность. Лучшее время для воздушных ванн — с 8 до 11 часов утра.

На берегу Мойнакского озера в 1886 году была построена грязелечебница, которая впоследствии много раз реконструировалась. Сегодня она является действующей, и здесь можно принимать бальнео-процедуры. В перспективе планируется реконструкция грязелечебницы и строительство вокруг нее мини-гостиниц.