Человек научился так или иначе защищаться от паразитов. Это, главным образом, иммунные механизмы, которые вызывают защитные реакции (выработку антител) на антигены, входящие в состав организма паразита, а также выделяющиеся паразитами в окружающую среду.

Только после гибели паразитов высвобождаются антигены первого типа. Они многообразны, но у многих форм, особенно родственных, часто бывают сходными. Поэтому антитела на эти антигены обладают слабой специфичностью.

Антигены второго типа разнообразны и специфичны, они выделяются во внешнюю среду. На разных этапах жизненного цикла паразитов они могут меняться, поэтому выработка иммунитета к ним затруднена. Это компоненты кровососущих паразитов, ферменты, выделяющиеся различными железами гельминтов.

Некоторые паразиты прибегают к весьма своеобразному средству защиты — антигенной маскировке: они синтезируют поверхностные антигены, настолько сходные с белками хозяина, что организм не распознает их как чужеродные. Другие паразиты заимствуют антигены хозяина, включая и антигены групп крови, и, таким образом, также не воспринимаются хозяином как чужеродный материал.

Иммунная защита против многоклеточных паразитов значительно усложняется многоступенчатостью их циклов развития. Каждая стадия может вырабатывать свой комплекс антигенов. К тому моменту, когда хозяин приобретает к ним иммунитет, паразит переходит в следующую стадию развития, состав антигенов меняется и паразит остается неуязвимым.

У многих паразитов на протяжении эволюции выработались механизмы, позволяющие им ослаблять неблагоприятное влияние иммунитета хозяина. Так, некоторые простейшие паразиты обитают внутри клеток хозяина, что делает их малодоступными для антител хозяина. Кроме того, такие паразиты способны размножаться и расселяться по организму хозяина, не выходя даже за пределы клеток, потому что клетки хозяина, в которых они находятся, нередко сохраняют способность к делению и перемещению.

Преимущества некоторым паразитам дает и размещение в тканевой жидкости, где концентрация антител обычно в 5 раз ниже, чем в плазме крови.

На паразитов, обитающих в просвете кишечника, не действуют ни антитела плазмы крови, ни механизмы клеточного иммунитета.

Ряд паразитов находятся в тканях внутренней среды, окруженные специальными защитными капсулами, причем в состав стенки капсулы входят как компоненты хозяина, так и паразита. В неповрежденном виде стенка такой капсулы почти непроницаема, поэтому через нее не выходят антигены паразита и не проникают антитела хозяина.